Inicialmente, os ex-policial, que na época do massacre era da Ronda Ostensiva Tobias de Aguiar (Rota), estava sendo acusado pelo Ministério Público Estadual por 73 mortes registradas no segundo andar do pavilhão. No entanto, o promotor Daniel Tostas pediu a absolvição do réu em 21 desses assassinatos, detentos que foram mortos por armas brancas, sem sinais de tiros. A justificativa é a de que esses presos tenham sido mortos em brigas entre os próprios detentos.

Silva é o primeiro PM a ficar preso porque já estava detido desde 2011, pela morte de uma travesti no mesmo ano. O crime foi cometido 72 dias depois que ele ganhou a liberdade provisória, após cumprir 18 anos de prisão pelo assassinato em série de três rapazes, também travestis. Ele estava preso desde 1993 e chegou a ser considerado um serial killer pelo Ministério Público Estadual (MPE) e a Polícia Civil.

Apesar de condenado pelo júri no caso da Casa de Detenção, para a Justiça, assim como nas sentenças para os outros policiais e ex-agentes que aturam no Carandiru, ele também responde à sentença em liberdade, já que está preso pelo homicídio que cometeu há três anos.

Durante o julgamento, Tostas disse que não "cabe ao Ministério Público apontar se Cirineu matou A ou B" na operação que terminou com os 111 detentos mortos, mas sim comprovar que o comportamento do policial dentro da Casa de Detenção "concorreu com o ocorrido" e que ele "participou no resultado" das 111 mortes.

Na Casa de Detenção, Silva foi acusado de participar, junto com outros PMs, das execuções mais violentas do massacre. No andar em que ele agiu, com outros 25 policiais, alguns presos foram encontrados com dezenas de tiros nas regiões do tronco e cabeça. "Todos entraram com a intenção de matar e cada um participou de sua forma", argumentou o promotor aos jurados no momento da réplica.

Na tréplica da advogada Ieda Ribeiro de Souza, que defendeu todos os policiais condenados, ela argumentou que o réu foi baleado no braço durante a ação da PM dentro da Casa de Detenção sendo socorrido em uma ambulância e impossibilitado de efetuar os disparos. "Esse homem foi atingido, socorrido dentro de uma viatura. Ele não tinha condições de efetuar os disparos", disse aos jurados.

A defensora também afirmou que o perito Osvaldo Negrini, responsável pelo caso, não soube indicar quais PMs mataram os presos. "O próprio perito entrou em contradição, dizendo que das 73 mortes ele não saberia indicar quais ocorreram no segundo andar", afirmou Ieda. Ela também disse que irá recorrer da decisão. Durante a tréplica ela rebateu o vídeo do filme Carandiru, usado pela promotoria para sensibilizar os jurados.

"Esse filme retrata única e exclusivamente o caso. É uma licença poética de um cineasta que coloca no filme um cavalo subindo escada. Eu lido com a realidade", disse a advogada. Ela respondeu o filme da promotoria mostrando um vídeo em que um detento que se diz ser do Primeiro Comando da Capital (PCC) ameaça e debocha de um juiz.

Pesou contra. Por causa dos ataques contra as travestis, foi pedido um exame de sanidade mental e Silva precisou ser julgado separadamente dos demais ex-companheiros. Um laudo da Justiça que saiu pouco antes do julgamento o considera semi-imputável, ou seja, sabe que está cometendo os crimes, mas não se comporta de acordo com o entendimento. O promotor usou isso contra o réu. "Dá para imaginar a participação dele com esse perfil de serial killer dentro do pavilhão", disse Tostas.

A advogada pediu para que os jurados não levassem em conta os crimes contra as travestis, cometidos após 1992. No entanto, em entrevista após o julgamento, ela disse que os assassinatos podem ter pesado na decisão dos jurados. "Não posso levar em consideração fatos posteriores a esse (das travestis)", afirmou a advogada. Ela alegou que quando foi condenado pelo homicídio das três travestis, o ex-PM estava sendo acusado de 17 assassinatos semelhantes e foi absolvido na maioria deles.